由于纽约市立大学独特的组成结构和各个分校的相对独立性，大多数分校都有一些相同的科系。例如，很多分校都有自己的英语系、数学系、历史系等等。不过有些分校也有它们独特的科系。比如，城市大学拥有市立大学系统中唯一的工程学院和建筑学院，而伯鲁克大学是唯一拥有商学院的分校。
纽约市立大学系统的四年制分校颁发各自的学士学位和硕士学位。两年制社区大学颁发各自的副学士学位。一般而言，Ph.D博士学位只有研究生院有权授予，例外包括工程学博士和临床心理学博士，这些学位由研究生院和纽约市立学院共同授予。而法律学博士学位则是由法学院颁发。
